巴山游击队在南江同南郑县接壤的川陕界上，执行“红军三大任务”，固守川北与陕南间二百里阵地，并向陕南纵深发展。他们继承发扬主力红军善以伪装迷惑敌人的战术，同敌作战，屡获胜利，取得了“奇袭魁星楼”等以少胜多战斗的胜利。到1935年底，游击队发展到1200余人，除师部和直属分队外，下辖2营6连，活动区域沿巴山向川陕边扩展，纵横500平方公里，开辟了第一个鼎盛时期。

1936年4月，由于之前反“围剿”取胜，产生麻痹轻敌思想。不料，敌连夜追至，游击队陷入敌人包围之中。加之刘子才指挥失误，部队虽突出重围，但伤亡200多人。在部队到达宁强三道河后，又错误执行纪律，导致原红十一军政治部特务连脱离主力，单独前往通江碑坝被国民党保安队瓦解。待独立师辗转至桃园时，仅存260余人。之后，部队在麦子坪崖洞整军，撤销刘子才职务，由特务连吴三保代理师长职务。

他们以南郑县小坝为中心活动区，加强对敌侦察与社情调查，开展打击土豪劣绅、开仓放粮等活动。并制定有严明的纪律，还组织队员经常跟穷人谈家史、拉家常，唱革命歌曲，宣传革命道理。从而赢得人民的支持与信赖。1936年8月初，国民党驻汉中三十八军派出一个团偷袭游击队。在突遭袭击的情况之下，由于部队高度集中，损失惨重。后在桃园焦家河会合时仅存65人，被迫隐藏深山，驻扎在大河石窟中。从此，游击队处于流动作战的状态。

1936年10月，在南江县焦家河大河石窟中召开全体会议，总结过去的教训，分析目前的形势，确定今后的方针，改独立师为游击营，选举赵明恩为营长，辖一个独立连和两个队（班），营部移驻南江县桃园寺。由于采取正确的措施，1937年夏至年底，游击队进入全面恢复和发展时期，游击队员自称为“幸福时期”。1938年，游击队恢复到700多人，游击区域北达汉中南部，东迄通江西部，西至广元东部，南至南江北部，纵横约300公里，开创了游击队第二个鼎盛时期。

1937年9月22日，国民党中央通讯社发表了《中共中央为公布国共合作宣言》和蒋介石团结御侮的谈话，宣布了国共两党合作的成立。由中国共产党所倡导的抗日民族统一战线正式形成。但是自1938年10月武汉失守后，以蒋介石为代表的国民党顽固派，开始了反共投降活动，1939年即在各抗日根据地放火。国民党“川陕鄂边区绥靖主任公署”发布“巴山清剿令”，国民党28军新编第9师和164师490旅，从1939年春天开始，相继对巴山游击队实行长达一年的“清剿”。巴山游击队在敌十倍于我的劣势下，英勇奋战，顽强斗争，一直坚持到1940年3月中旬。这时，正当蒋介石国民党从1939年1月开始向共产党所领导的革命武装和抗日根据地实行进攻、压迫，在全国达到高潮的时候。巴山游击队在抗日战争时期中国民党发动的“第一次反共高潮”中遭受了失败。